在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当NERV处于一片混乱时，第九使徒由海岸登陆。与第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到国联的警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，元渡他们用自己的手为EVA的发进作好了准备。三机发进后，联合作战成功地击毁使徒。
这次剧本所主要描写的，是受到来自人类阴谋破坏而陷入危机的NERV，与第七话有一定相呼应之处。作画系有不少新手加入，也尝试着加入一些与EVA 系列不同的作画手法。 导入部分从NERV职员们的日常生活开始，强调了作品的生活氛围。之后，对于日常（可使用电器的状态）与非日常（不能使用电器的状态）的描写，暗示人类社会是建立在脆弱的基础之上。
副标题的意思是“第三新东京市停止之日”。这个标题是从科幻电影《地球停止之日》置换而来。曾使用过类似标题的，还有横山光辉原作的《巨大机械人》。

美里被晋升为三佐，剑介他们特意搞了聚会庆祝。这时，在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒，它的本体，在探测到NERV的位置后照准加速坠落下来。在源堂不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用A · T ·FIELD抵挡的计划并取得成功。为此，源堂从南极发回了贺电，真嗣也因此找到了“ 乘坐EVA战斗的理由”。好不容易打赢了第九使徒，美里本来说要带三个小孩吃大餐，可惜天性懒散的她没钱了，最后被拖去吃路边摊拉面。这种安排其实比她们吃大餐要温馨得多，第一次看到丽与她们交际（吃大餐的话她就不去，因为她讨厌肉）。
从这一话里，可以发现“第二次浩劫”的可疑之处，而美里的过去，也随之慢慢地展现在观众面前。
副标题的意思是“不要因为你的个人恩怨导致别人受苦”。这句话是美里制订下与MAGI所不同的作战方案后，赤木律子在洗手间对美里所说的。

NERV本部在进行模拟体测试实验时，于蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒。该使徒能够急速分裂、增殖，控制模拟体后开始侵蚀MAGI系统，并提速NERV自爆。
对此，律子进入MAGI尚未被侵蚀的CASPER·3，依靠她母亲的残存记忆为使徒写入了自灭促进程序，之后，使徒歼灭。
这一剧本中理论的篇幅较大。真嗣与美里这类易被感情支配的角色出场比较少，但平日里冷静的律子这次却有大发挥。剧中源堂有一句台词是“进化的终点就是死亡”，曾任人工进化所所长的他的这句话，究竟有何含义呢？……
绝大多数人都应该知道“小人国历险记”的故事吧，副标题中的LILLI-PUTIAN指的就是小人国的人类。真不知道体型巨大的EVA如何去应付这种细菌规格的使徒。

人类补完委员会召开了特别召集会议，对NERV的成绩作总结。对于使徒侵入一事，碇源堂予以否认。与此同时，机体互换实验正在进行中。丽可顺利乘坐初号机，但真嗣却受到了来自零号机的精神污染。又一次陷入暴走状态的零号机，拼命地攻击观察室的窗户。这样的情形，在美里的心里引起了不少的疑问，但律子却对于暴走的原因予以保留。
上半集的片子，可以说是EVA全剧上半部分的总集篇，但也加入了不少新的情报。下半集中有不少发人深思的台词，近结尾时，零号机持着隆基亚斯之枪走向莉莉斯。于是，不少新的谜团又被引发出来。黑底白字的解说字幕，在系列中出现最多，分镜头也一样，可以说这一话的构成与编辑都做得十分辛苦。
副标题可以理解为“总集篇”。

在京都的废屋里与一个奇怪的女性交谈后，加持良治依旧执行他对NERV的侦探工作。第二日，真嗣与源堂一起来到唯的墓前，明日香则去应付约会。晚上，美里、律子与加持一同参加了友人的结婚宴会，在回来的途中，美里向加持吐露了自己的心声。翌日，在进行间谍工作的加持被美里发觉，于是，加持将她带到了被NERV隐藏的莉莉斯面前。到了这个剧本时，美里与加持的关系已经很明了了。依旧思慕加持的美里，在她面前，友人们结婚的事实使她动摇。加持与谜之女性的密会以及在类似于脑与脊髓装置中的丽，为这一话增添了神秘色彩。
本话中分别有美里与加持、真嗣与明日香的接吻场面，当然性质是不同的。“那些女人强烈地渴望得到他人的亲吻”，这个副标题在全系列中是最长的。

第16话：导致死亡的病、而且（死に至る病、そしで）
——Spilitting of the Breast
1996年1月17日初映
脚本：山口宏、庵野秀明
设计：鹤卷和哉
演出：鹤卷和哉
作画监督：长谷川真也

在EVA的同步测试中，真嗣超越了明日香。因此，他信心百倍地去迎击出现的第十二使徒，结果被使徒的虚像所迷惑，落入了使徒本体的虚数空间。由于无法脱离，真嗣将生命维持系统打开，等待救援。十六小时后，生命维持到达限界，在模糊的意识中，真嗣似乎看到了母亲。另一方，律子打算牺牲真嗣来回收初号机，但使徒忽然被初号机撕裂开来。
这一剧本的重心，在于被封入虚数空间后真嗣唯物的自问自答。设计时采用了许多例如在黑底色上抽动的白线之类的抽象画面。“导致死亡的病”这一标题来自于丹麦思想家基尔肯格尔的著作。他反对当时的合理主义思想哲学，认为人应当在永远与时间、无限与有限、必然与自由、爱与憎之中寻求真正的自我，是20世纪的现实主义的先驱。
副标题是心理学用语，与第18话的副标题共同指代真嗣的不同精神状态。

EVA四号机的S2机关搭载实验在美国进行。结果美国的NERV第二支部与其半径89公里以内的设施从此消失。为此，剩下的三号机的启动实验，转至日本的松代进行，而且驾驶员将由新挑选的第四适格者来担任。只是那个青年的名字，令美里担心。后日上课时，铃原东治被传唤至校长室，回来之后，他似乎变成了另一个人。
这一话的主角是东治。被选为第四适格者后，他心情的孤独与动摇，没使用独白也充分地表现了出来。同时，描写洞木光对他的爱慕在此时亦最为合适。虽然有些残忍，但给观众的感触很深。
副标题是“第四适格者”。不过为何使用复数形式呢？等到第23话就可以明白了。