三代火影猿飞的学生，与自来也、纲手并称“三忍”。后因为开发禁忌的忍术被发现而离开木叶，加入晓……….但在晓中却无法实现他的野心，他脱离了晓，并发现佐助，诱导佐助到他身边，以便成为他转生的容器。

在宇智波鼬加入后退出组织，建立了自己的秘密忍者村，标记是四分音符。和风影联和攻打木叶，同时又秘密杀死风影，也杀了恩师三代火影，但付出双臂的代价，进行灵魂转生后复原。

大蛇丸，一个孤独的天才，没有朋友，没有敌人，没有生存的意义，那么还剩下什么?

忍者.............对，我是忍者，既然我是忍者，为何天才的我不能知道所有忍术之类的想法产生了。

想看看他的动作，他只是想知道全部的忍术，就好象调色盘一样，他不想过重复的人生，甚至于哭跟笑，别人都有过……………

于是他开始想到一个没有人完成的事迹，把所有忍术开发，但是他会找自己身体做实验吗?像人类也拿动物做实验，毕竟生命只有一次，人总是自私的。

开始动用他的天份，补抓几个小猫，几个暗部，慢慢开发他的禁忌之术来长生不老，好以后有时间或是永远的开发忍术，但是这样的计划很快就因为第三代火影的追踪以及调查而失败，但是第三代放过他的时候，大蛇丸毫发无伤，而他不敢(也不想)对三代动手，可以说明三代实力的确比大蛇丸强，不过只限于过去。也可以说是尊敬他的老师，第三代火影.....

想想看，一个喜欢你的老师，如果要杀害你，是因为你做错事情，但是你同样尊敬那老师，就好比鸣人会杀伊鲁卡老师吗? 不敢也不想...大蛇丸在可以刺进去第三代火影的脖子时候，喷出来的血是大蛇丸的啊!!

他宁愿不动手杀自己老师，刺自己的手，因为他有罪恶感，他毕竟还是人，感情不能那么容易分割，于是他想让第三代火影了解这心情，招出了第一、第二代火影，战斗过后，第三代火影说的话：大蛇丸啊...你真是愚蠢...我的弟子啊...

愚蠢? 可能原因是，第一个大蛇丸故意让三代体会他心情的感受时候，三代火影就知道，大蛇丸真正的心情了，他想被重视!!