《地狱少女》的故事讲述的是有一个只有在午夜0时才能访问的网站——地狱通信，只要将自己所忌恨的人写入这里，那么地狱少女就会将此人拉入地狱。

　　NDS版《地狱少女朱蔓》的主人公是原作中不曾登场的原创角色高桥瑞穂，玩家将扮演主人公对地狱少女事件进行调查。主人公所属的神秘事件研究部由于管理不当即将面临废部绝境，而挽救神秘事件研究部的最后机会就是1个月后即将召开的文化祭活动，因此主人公决定要在最后1个月内查明地狱少女的事件真相，挽救研究部。